原文:批處理!功能富集分析、基因ID轉換、查找同源基因、SNP注釋一站式服務

看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便 好用,一定要分享給大家 g:Profiler網址: https: biit.cs.ut.ee gprofiler 下面具體講一下該網站的功能。 GO 功能富集分析 功能富集分析包括:Gene ontology, biological pathways, regulatory motifs in DNA, prote ...

2020-11-13 19:39 0 664 推薦指數:

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基因家族分析同源基因的尋找

Blast進行同源基因的尋找 參考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基於蛋白的比對結果,尋找某一個蛋白家族的同源基因,使用如下的參數 ...

Fri Mar 06 18:00:00 CST 2020 0 1423
SpringBoot一站式啟動流程源碼分析

一、前言   由上篇文章我們得知,SpringBoot啟動時,就是有很簡單的一行代碼。那我們可以很清楚的看到這行代碼的主角便是SpringApplication了,本文我們就來聊一聊這貨,來探尋SpringBoot的一站式啟動流程。 ​  其實SpringApplication ...

Wed Jun 06 17:31:00 CST 2018 0 5417
Water 2.4 發布,一站式服務治理平台

Water(水孕育萬物...) Water 為項目開發、服務治理,提供一站式解決方案(可以理解為微服務架構支持套件)。基於 Solon 框架開發,並支持完整的 Solon Cloud 規范;已在生產環境跑了4年。 功能約等於:consul + rabbitmq + elk ...

Mon Nov 22 23:26:00 CST 2021 1 383
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
一站式WebAPI與認證授權服務

保護WEBAPI有哪些方法? 微軟官方文檔推薦了好幾個: Azure Active Directory Azure Active Directory B2C (Azure AD B2C) ...

Mon Apr 20 22:09:00 CST 2020 5 2129
基因id轉換

DAVID網站提供了id轉換功能 1 選擇上傳gene list文件 2 選擇上傳ID的類型,我們ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL_GENE_ID 3 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
GSEA-基因富集分析

Analysis 思路: 使用預定義的基因集(通常來自功能注釋或先前實驗的結果),將基因按照在兩類樣本中的差 ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因或蛋白富集分析,gsea與ssgsea

大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
 
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