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DAVID網站提供了id轉換的功能
- 1 選擇上傳gene list文件
- 2 選擇上傳ID的類型，我們ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID，所以這里選ENSEMBL_GENE_ID
- 3 這個是類型，因為只做ID轉換，所以選Gene List就ok了
- 4 選擇你要轉換的ID類型，這里我選的ENTREZ_GENE_ID
- 5 然后選擇提交就ok了
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- 1 輸入文件ID類型
- 2 輸出ID類型，這里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID
- 3 輸入ID列表，點擊確定。測試的時候發現輸出的結果不會超過5000個ID，如果需要轉換的id比較多可以考慮分割文件再轉換
3.ENSEMBL biomart
ensembl的官方網站提供的工具，ID轉換比較齊全，而且除了轉換ID之外，還有其他有意思的功能（留給你們自己去挖掘了），缺點就是不能做大量的ID轉化，不過2000應該能行吧。
- 1 選擇數據庫：Ensembl Gene 86，Homo sapiens就ok
- 2,3 過濾，主要是輸入要轉換的ID，選擇Ensembl Gene ID，將ID-list.txt導進去，如果想獲取這個物種所有的對應關系，那么久什么都不用選；
- 4 attribute，主要是選擇輸出的內容，這里作為ID轉換，輸出就是Ensembl Gene ID和ENTREZ GENE ID就行。
- 5 設置完了以后最后點擊results就會返回結果了。
4 從NCBI下載Gene ID 對應Ensemble ID的文件，寫腳本進行轉換ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/
Ensembl的Gene ID想要得到它的GENE Symbol的時候，一轉換之后就有些對應不上了，有的Ensembl Gene ID對應不上Gene Symbol了，其實這是正常的，因為Ensembl屬於EMBL-EBI，也就是歐洲生物信息學中心，NCBI屬於美國生物信息學中心，他們對於基因組注釋肯定是不同的，但是比較公認的一個觀點是Ensembl Gene ID的注釋更加詳細，所以會出現一個Ensembl Gene ID對應幾個Entrez Gene ID（Gene Symbol），或者一個Entrez Gene ID對應幾個Ensembl Gene ID也是可能的，而我在對測序數據進行注釋的時候幾乎都是選用Ensembl提供的參考序列以及注釋文件，一般不用NCBI的。
參考博客：http://blog.163.com/bioinfo_wen/blog/static/234301034201610510153827/