1.bioMart包的介紹 bioMart包是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件包自由連接到bioMart數據庫,這個包可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...
DAVID網站提供了id轉換的功能 選擇上傳gene list文件 選擇上傳ID的類型,我們ID list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL GENE ID 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene List就ok了 選擇你要轉換的ID類型,這里我選的ENTREZ GENE ID 然后選擇提交就ok了 bioDBnet 輸入文件ID類型 輸出ID類型,這里 ...
2019-05-09 07:48 0 2332 推薦指數:
1.bioMart包的介紹 bioMart包是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件包自由連接到bioMart數據庫,這個包可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...
1、安裝"biomaRt"包 2、"ensembl_transcript_id_version" 轉 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 輸入文件file.txt如下所示: 轉換命令如下: 輸出文件new如下所示: ...
看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~ g:Profiler網址: https://biit.cs.ut.ee/gprofil ...
1)安裝載入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packa ...
轉自歐意生物。https://www.sohu.com/a/110476023_464200 LncRNA自從發現至今,相關研究如火如荼。歐易生物也給很多科研工作者提供lncRNA測序和芯片檢測的服 ...
1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下圖,篩選出基因所在的通路,並標上不同的顏色。 3、結果頁面如下,有些基因會找不到對應的通路,如下圖紅字,找到通路的會列在下方,點擊可以查看對應通路。 ...
liftover的介紹 人類基因組有不同的版本,目前用的最多的是hg38和hg19,為了將不同版本的染色體上的位置一一對應,UCSC出了這款工具liftOver,官方的定義是: This tool converts genome coordinates and genome ...
Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 數據庫使用的ID標識符,用於標識不同的分子特征,如基因,轉錄本,外顯子,蛋白。大多數據庫都有一套自己的ID命名。ID 主要是為消除歧義,在特征注釋或數據庫更新時也能保持一致。不像人為命名的分子名字,如基因名字那樣可能發生改變 ...