liftover的介紹
人類基因組有不同的版本，目前用的最多的是hg38和hg19，為了將不同版本的染色體上的位置一一對應，UCSC出了這款工具liftOver，官方的定義是：
This tool converts genome coordinates and genome annotation files between assemblies.
1.liftover的安裝
1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
2.坐標注釋文件下載
hg38Tohg19注釋文件：
1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz
hg19Tohg38注釋文件:
1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz
下載得到的*over.chain.gz不需要解壓
如果需要其他版本的注釋文件，請見Sequence and Annotation Downloads，下載對應的liftOver注釋文件即可。
3.Input文件
只接受BED格式文件，BED格式文件只定義前三列：chr start end，無表頭
注：start不等於end（如果是單位點的話，建議所有end+1
4.坐標轉換
簡單兩個命令即可
1.將liftOver變為可執行文件
2.執行，參數為inputfile，over.chain.gz，outputfile，unmapfile（會輸出沒有對應上的行）
Example:
hg38>hg19
1 /path/to/liftOver /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg38.bed /path/to/hg38ToHg19.over.chain.gz /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19.bed /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19_unmap.bed
顯示坐標已經完全轉換
2019-12-10
22:03:03