下面的圖來自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klei ...
單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞的RNA seq數據很好分析,跟分析常規的RNA seq應該沒什么區別。今天的這篇文章 年 月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據在數據分析和計算上的挑戰 雖然已經過去 年多了,這里指出的問題和挑戰仍然是不過時的,至於這些問題和挑戰現在是不是完美解決了,這里就暫且 ...
2017-05-26 16:06 0 13409 推薦指數:
下面的圖來自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klei ...
單細胞轉錄組 從研究方向看上,發育生物學、免疫、神經生物學、腫瘤是排名靠前的方向,這和我們平時遇到的高頻研究方向基本吻合。另外,作為一個新興的領域,10X 單細胞轉錄組檢測到細胞多,數據龐大,信息復雜,對數據分析帶來諸多困難,因此算法類的文章(Computational method ...
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我 ...
介紹 文章對已知的多種細胞系混合后進行單細胞10X RNA測序,研究多克隆之間的互作模式。我們這里介紹里面的單細胞測序基因表達細胞分類操作。不過文章選用的是已知固有SNP進行分類,基因表達分類用於和SNP分類進行比較。 代碼講解 讀入QC后的seurat obj,過濾代碼見之前的博客http ...
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...
mRNA 的數量。10X genomics單細胞測序通過Barcode來標記細胞,UMI 來標記轉錄本 ...
業界良心啊,開源的單細胞課程。 隨便看了幾章,課程寫得非常用心,非常適合新手。 課程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源碼地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...
這么多工具和基因組版本,選擇困難症犯了,到底用哪個好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory int ...