「三代組裝」使用Pilon對基因組進行polish
對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入，根據比對結果對輸入的參考基因組進行提高，包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...
原文：組裝三代番木瓜基因組——by Serenity Fang
估算測序深度 reads數目 N 等值 自寫perl程序 ： perl TangerScript fqStat i sunset.raw.subreads.fastq g m 統計結果如下： 基因組組裝三步走 .Correction .Assembly .Polish Step : canu組裝 .Correction .Assembly nohup canu s spec.txt p suns ...
2017-05-16 20:49 0 1763 推薦指數：
相關推薦
對組裝之后的三代基因組進行polish
一：利用pilon軟件進行二代數據對三代數據polish 准備數據 ： 三代數據組裝好的基因組文件：draft.fa illumina的雙端測序數據經過質控之后的數據：read1_fq.gz read2_fq.gz 比對（bwa） 構建索引 ...
使用wtdbg利用三代數據進行基因組de novo組裝
速度快, 運行內容：一步組裝，兩輪糾錯 “--edge-min”值對基因大小影響特別大，在基因組復雜度低和測序深 ...
三代基因組consensus：Minimap+miniasm組裝，racon+pilon糾錯
用Li Heng開發的Minimap+miniasm進行組裝，然后用racon+pilon進行糾錯。 三代測序拼裝軟件，三代測序平台 Nanopore / Pacbio 產生的數據的一個共同點就是，讀長長，錯誤率高，在用於分析之前需要對數據進行特殊處理（consensus，糾錯），再進行拼裝任務 ...
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D：ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈，測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...
三代基因組測序技術原理簡介
考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章， 最終，我自己開通了公眾號：鹼基礦工，歡迎感興趣的同學關注！ 也可以關注我的知乎：https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改：這篇文章寫於2013年，首發 ...
二代數據組裝葉綠體基因組
與核基因組相比，細胞器基因組相對來說，更為保守，並且序列較短，更加易於組裝，僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法，僅供參考。 1 數據 本次我使用的二代數據為50X。下機后，首先通過fastq對其進行過濾，改軟件操作較為簡單，僅僅使用-q 20 ...
NextDenovo 組裝基因組
NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT，Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效)，可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后，每個鹼基正確率為98-99.8%， 可進一步通過NextPolish進行polish。 具體 ...