官網地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的軟件下載:https://vcftools.github.io/examples.html 安裝 第一種情況的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz ...
The C executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be found on the manual page. Running the program Getting ...
2015-03-31 21:09 0 11447 推薦指數:
官網地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的軟件下載:https://vcftools.github.io/examples.html 安裝 第一種情況的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz ...
1、使用一下命令 編譯中出現報錯: 查了一下資料,大概是PKG_CONFIG_PATH這個環境變量出了問題,找不到軟件安裝過程中依賴包的位置。 在PKG_CON ...
VCFtools用來處理VCF文檔。 篩選特定突變 比較文件 總結突變 轉化文件格式 驗證並合並文件 取突變交集和差集 Get basic file statistics input可以為VCF或BCF格式(--vcf --gvcf or --bcf ...
因為最近有一項工作是比較填充准確性的,中間有用到vcftools比較兩個vcf文件。 使用命令也很簡單: 運行結束會生成一個名為Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位點信息 ...
一般來說有兩種解決方案。 第一種:添加“--plink-tped”參數: 用vcftools的“--plink”參數生成plink格式文件時,小樣本量測試可以正常生成plink格式,用大樣本量時產生Writing PLINK PED and MAP files ... Error ...
下列所用到的數據均為千人基因組數據庫 1、通過vcftools計算FST 命令行如下: 其中,input_data.vcf就是輸入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt ...
1、bcftools提取指定區段的vcf文件 下載安裝bcftools 見如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700 ...