一般來說有兩種解決方案。
第一種：添加“--plink-tped”參數：
用vcftools的“--plink”參數生成plink格式文件時，小樣本量測試可以正常生成plink格式，用大樣本量時產生Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could not open temporary file.報錯，於是嘗試將“--plink"參數修改為”--plink-tped“參數，成功運行，具體如下：
/bin/vcftools --vcf 1000Genomes.vcf --plink-tped --out 1000Genomes
之后生成tfam和tped格式的中間文件，再將這個中間文件生成plink常用的格式文件
比如，生成ped和map格式：
plink --tfile 1000Genomes --recode --out 1000Genomes
生成bed,bim,fam格式文件：
plink --tfile 1000Genomes --make-bed --out 1000Genomes
第二種：添加系統的臨時文件數
查看hard limit:
ulimit -Hn #查看hard limit
這里假定hard limit有4096
設置soft limit，其數值應小於hard limit:
ulimit -Sn 4000
完成以后步驟以后，即可進行vcftools工具的計算。