samtools faidx輸出的fai文件格式解析 | fasta轉bed | fasta to bed

fai示例：

Sc0000003       2774837 10024730        60      61
Sc0000004       2768176 12845826        60      61
Sc0000005       2756750 15660150        60      61
Sc0000006       2627294 18462857        60      61
Sc0000007       2472379 21133951        60      61
Sc0000008       2452568 23647548        60      61

　　

NAME	Name of this reference sequence
LENGTH	Total length of this reference sequence, in bases
OFFSET	Offset within the FASTA file of this sequence's first base
LINEBASES	The number of bases on each line
LINEWIDTH	The number of bytes in each line, including the newline

http://www.htslib.org/doc/faidx.html

offset比較讓人費解，其實就是 bytes starting from zero，文件層次的屬性，一般不需要關注。

 

有時需要將fasta轉為bed，就是統計長度就好了，但是利用samtools faidx這個功能，速度奇快，再配合一行Linux命令就搞定。

awk '{print $1, 1, $2}' file | sed -e 's/ /\t/g' > out

　　

 一個問題：bam，bed，gtf的位置都是從1開始的嗎？