1、FASTA文件的格式
在生物信息學中，FASTA格式（又稱為Pearson格式）是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。
FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元，各行記錄信息如下：
第一行是由大於號">"開頭的任意文字說明，用於序列標記，為了保證后續分析軟件能夠區分每條序列，單個序列的標識必須具有唯一性。；
從第二行開始為序列本身，只允許使用既定的核苷酸或氨基酸編碼符號。通常核苷酸符號大小寫均可，而氨基酸常用大寫字母。使用時應注意有些程序對大小寫有明確要求。文件每行的字母一般不應超過80個字符。
2、FASTQ文件格式
FASTQ是基於文本的、保存核酸序列和其測序質量信息的標准格式。其序列以及質量信息都是使用一個ASCII字符標示，最初由Sanger開發，目的是將FASTA序列與質量數據放到一起，目前已經成為高通量測序結果的事實標准。
FASTQ文件中以四行最為一個基本單元，並對應一條序列的測序信息，各行記錄信息如下：
第一行記錄序列標識以及相關的描述信息，以‘@’開頭，為了保證后續分析軟件能夠區分每條序列，單個序列的標識必須具有唯一性；
第二行為鹼基序列；
第三行以‘+’開頭，后面是序列標示符、描述信息，或者什么也不加；
第四行，是質量信息，長度和第二行的序列相對應，每一個序列都有一個質量評分，根據評分體系的不同，每個字符的含義表示的數字也不相同。