fasta/fastq格式解讀
1）知識簡介--------------------------------------------------------1.1）測序質量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是質量值。phred軟件在對reads進行base calling的時候會給出每一個鹼基的質量 ...
原文：fasta與fastq格式文件解讀
FASTA文件的格式 在生物信息學中，FASTA格式 又稱為Pearson格式 是一種基於文本的 用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元，各行記錄信息如下： 第一行是由大於號 gt 開頭的任意文字說明，用於序列標記，為了保證后續分析軟件能夠區分每條序列，單個序列的標識必須具 ...
2017-05-08 14:30 0 3327 推薦指數：
相關推薦
FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項： fastq文件必須是解壓格式 ...
【文件格式】解讀sam格式文件
1，SAM文件格式介紹 SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比對文件的格式，詳細介紹文檔：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由兩部分組成，頭部區和主體區，都以tab分列 ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列（通常是核酸序列）以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式，多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'開始，后面 ...
二代測序的fastq文件格式介紹
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
PNG文件解讀(2):PNG格式文件結構與數據結構解讀—解碼PNG數據
PNG文件識別 之前寫過《JPEG/Exif/TIFF格式解讀(1):JEPG圖片壓縮與存儲原理分析》，JPEG文件是以，FFD8開頭，FFD9結尾，中間存儲着以0xFFE0~0xFFEF 為標志的數據段。 對於一個PNG文件來說，其文件頭總是由位固定的字節來描述的，HEX： 89 50 4E ...
FASTQ格式
FASQT格式是用於存儲生物序列（通常是核苷酸序列）及其相應的鹼基質量分數的一種文本格式。為簡潔起見，序列字母和質量分數均使用單個ASCII字符進行編碼。最初由Wellcome Trust Sanger Institute（桑格研究所）開發用於捆綁FASTA格式的序列和其鹼基 ...