fastQ格式
FASTQ是一種存儲了生物序列（通常是核酸序列）以及相應的質量評價的文本格式.
他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式，多了一些描述性詞匯而已。
基本格式
包含四行，第一行由'@'開始，后面跟着序列的描述信息，這點跟FASTA格式是一樣的；
第二行是序列；
第三行由'+'開始，后面也可以跟着序列的描述信息；
第四行是第二行序列的質量評價（quality values，注：應該是測序的質量評價），字符數跟第二行的序列是相等且對應的。
舉例子
第一行以@開頭，后面是reads的ID以及其他信息，例如上例中 HWUSI-EAS100R代表Illmina設備名稱，6代表flowcell中的第六個lane，73代表第六個lane中的第73個tile，941:1973代表該read在該tile中的x：y坐標信息；#0，若為多樣本的混合作為輸入樣本，則該標志代表樣本的編號，用來區分個樣本中的reads；/1代表paired end中的前一個read。
第二行為read的序列。
第三行以“+”開頭，跟隨者該read的名稱（一般於@后面的內容相同），但有時可以省略，但“+”一定不能省。
第四行代表reads的質量。這一行可以詳細說一下！
Q值得計算
Illumina測序儀是按照熒光信號來判斷所測序的鹼基是哪一種的，例如紅黃藍綠分別對應ATCG，那么一旦出現一個紫色的信號該怎么判斷呢，因此對每個結果都有一個概率的問題。起初sanger中心用Phred quality score來衡量該read中每個鹼基的質量，既-10lgP ，其中P代表該鹼基被測序錯誤的概率，如果該鹼基測序出錯的概率為0.001，則Q應該為30，那么30+33=63，那么63對應的ASCii碼為“？”，則在第四行中該鹼基對應的質量代表值即為“？”，ASCii參考如圖2
P=0.001時，Q=30;P=0.01時，Q=20;P=0.1時，Q=10。
圖2
格式轉換
FASTQ格式與Fasta格式、GenBank等格式可以相互轉換。格式轉換器如下：
Biopython version 1.51 onwards (interconverts Sanger, Solexa and Illumina 1.3+)
EMBOSS version 6.1.0 patch 1 onwards (interconverts Sanger, Solexa and Illumina 1.3+)
BioPerl version 1.6.1 onwards (interconverts Sanger, Solexa and Illumina 1.3+)
BioRuby version 1.4.0 onwards (interconverts Sanger, Solexa and Illumina 1.3+)
BioJava version 1.7.1 to 1.8.x (interconverts Sanger, Solexa and Illumina 1.3+)
MAQ can convert from Solexa to Sanger (use this patch to support Illumina 1.3+ files).
fastx_toolkit The included fastq_quality_converter program can convert Illumina to Sanger
Illumina中應用
Illmina有多種測序儀，從早期的GA、Hiseq2000、Hiseq2500以及Hiseq X, Hiseq2000一個flowcell中包含8個lane，每個lane可以測一個文庫或多樣本的混合文庫，多樣本混合文庫如果需要后期區分則每個文庫需要一個獨特的標簽，即Index。其中一個lane包含3列(3個Swath)，每一列又包含8個tile，每一個tile又會種下不同的cluster，如圖1所示為Hiseq2500的FlowCell的一個表面。圖3
圖3