使用FastqCount統計fastq文件基本信息？

目錄

• 1. FastqCount簡介
• 2. 使用
• 3. 結果

1. FastqCount簡介

快速實用小工具：FastqCount
https://github.com/zhimenggan/FastqCount

統計指標包括：

• Total Reads
• Total Bases
• N Bases
• Q20
• Q30
• GC

2. 使用

壓縮文件可搭配pigz使用更香。

單個fastq(.gz)文件:

./FastqCount input.fastq

多文件：

pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - >seq.out &

3. 結果