如何用fastq-dump把sra格式轉成fastq格式(fq格式)


sra是NCBI 推出的存儲高通量數據的格式,而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq,從
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
下載相應的軟件。
或者下載最新的source code,在服務器上用make 編譯。
然后使用如下命令行:
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra
這樣就可以很簡單的把sra格式轉成fastq格式了。

 

轉換 .sra 文件成  .fastq/fasta 文件

#single-end 單端測序

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 結果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 結果生成DRR000003.fastq

 

#pair-end  雙端測序

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  結果生成   DRR002018_1.fastq,DRR002018_2.fastq

 

REF:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100o1mg.html
http://hi.baidu.com/wuyu466/item/152006eb4363eac3baf37d29
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100liee.html


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