FASTQ格式
FASQT格式是用於存儲生物序列（通常是核苷酸序列）及其相應的鹼基質量分數的一種文本格式。為簡潔起見，序列字母和質量分數均使用單個ASCII字符進行編碼。最初由Wellcome Trust Sanger Institute（桑格研究所）開發用於捆綁FASTA格式的序列和其鹼基 ...
原文：如何用fastq-dump把sra格式轉成fastq格式(fq格式)
sra是NCBI 推出的存儲高通量數據的格式，而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq，從 http: trace.ncbi.nlm.nih.gov Traces sra sra.cgi cmd show amp f software amp m software amp s software下載相應的軟件。或者下載最新的source code，在服務器上用make ...
2013-04-15 16:16 0 21763 推薦指數：
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SRA數據轉成fastq
Downloading and installing the SRA Toolkit step1： 下載並安裝SRAtoolkit （Download the Toolkit from the SRA website） If you are using a web ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列（通常是核酸序列）以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式，多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'開始，后面 ...
fasta/fastq格式解讀
1）知識簡介--------------------------------------------------------1.1）測序質量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是質量值。phred軟件在對reads進行base calling的時候會給出每一個鹼基的質量 ...
FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項： fastq文件必須是解壓格式 ...
fastq-dump 報錯 解決方案
命令行： ~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 報錯信息: fastq-dump.2.3.2 err: name not found while ...
二代測序的fastq文件格式介紹
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
fasta與fastq格式文件解讀
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中，FASTA格式（又稱為Pearson格式）是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元，各行記錄信息如下： 第一 ...