根據bed文件從fasta文件中獲取基因序列

第一次寫博客，分享一個做的提取基因序列的程序，根據bed文件里的位置信息從基因組里提取序列

源碼地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py

bed文件通常用來保存注釋基因信息，BED文件必須的3列:

1. chrom - 染色體號
2. chromStart - feature在染色體上起始位置（其實編號為0）
3. chromEnd - feature在染色體上末尾位置（不包括此編號）

　　第四列是基因的名稱

　　還有些列想了解參考:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

程序依賴 pyfasta模塊（https://pypi.org/project/pyfasta/）

安裝pyfasta的命令：pip install pyfasta