第一次寫博客，分享一個做的提取基因序列的程序，根據bed文件里的位置信息從基因組里提取序列 源碼地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用來保存注釋基因信息，BED文件必須的3列 ...

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列 用法： samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對於每條序列，除了最后一行 ...

BED 文件格式 BED 文件格式是一個可變方式的數據線，用來描述注釋的數據。BED線有3個要求的字段和9個額外的字段。每條線的字段數目必須是任意單條數據的在注釋上一致。可選字段的序試結合低數字的字段必須流行如果高位字段被使用。 首先是三個要求的BED字段 chrom ...

bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） bed文件 第一列是染色體或者contig信息。 第二列是起始位置，從0開始。 第三列是終止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是鏈方向 ...

1）BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一個格式 ,提供了一種靈活的方式來定義的數據行，以用來描述注釋信息。BED行有3個必須的列和9個額外可選的列。每行的數據格式要求一致(見下圖)。 每條線的字段 ...

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現，因為gtf每一行比較規律，不像fasta和fastq ...

BED文件格式 注釋文件就是基因組的說明書。告訴我們哪些序列是編碼蛋白的基因，哪些是非編碼基因，外顯子、內含子、UTR等的位置等等。注釋文件在以下三個提供參考基因組的網站中都有提供，比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是現在最權威的人類和小鼠基因組的注釋還屬Gencode ...

1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項： fastq文件必須是解壓格式 ...