1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T01_db
2、blastall -p blastn -d T01_db -i T01.fasta -o T01_out &
blastall -p blastn -d T01 -i query.fa -o T01_out -m 8
formatdb -i collapsed.fa -p F -n T03 && blastall -p blastn -d T03 -i query_1.fa -o T03_out -m 8 -b 1 -v 1 -e 1e-5
3、結果文件（轉載http://www.bbioo.com/experiment/24-112118-1.html）
3.1. 結果文件的結構一個BLAST的結果文件，大致結構如下：
每個blast結果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAST程序名稱，版本與Reference信息。接下來包含一個或多個Query，每個query包含以下內容：
Query information
Sequences producing significant alignments
Subjects
Query information是對一個query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是對所有subjects的簡要list。每個subjects是query序列在數據庫中比對上的一條序列。
3.2. header
每個blast結果文件都以固定的header開頭，里面包含了BLAST程序名稱，版本與Reference信息。
blast結果解讀-header
3.3. Query
每個blast結果文件包含一個或多個Query，每個query包含以下內容：
Query information
Sequences producing significant alignments
Subjects
blast結果解讀-Query
3.4. Query information
Query information是對一個query 序列的基本信息描述。該部分包括
? Name：Fasta序列對於序列描述的部分（見本文檔section1.2部分說明）
? Accession：接收號，或者location
? Description：序列描述
? Length：序列的長度
? Database：用戶使用的數據庫信息
3.5. Sequences producing significant alignments
該處的信息是所有subjects的簡要list。
blast結果解讀-subjects list
3.6. Subjects
每個subjects是query序列在數據庫中比對上的一條序列。每個subject部分包括
? Subject序列信息
? 一個或多個alignment
3.7. Subject序列信息
Subject序列信息包括該序列的：
? Name：Fasta序列對於序列描述的部分
? Accession：接收號，或者location
? Description：序列描述
? Length：序列的長度
BLAST-subjects
3.8. Alignment
一個query序列和一個subject序列的比對結果，可能是一個或多個alignment，每個alignment包括如下信息，其中strand，frame和positives三項，隨着所用blast程序的不同而有變動：
? Score：281
? Expect：2e-54
? Percent_identity
? Identities
? bits ：110
? Length
? Mismatches= Length – Identities
? Gaps：為空時，Gaps=0
? Strand （blastn）
? Frame （blastx，tblastn，tblastx）
? Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx)
? Query_start
? Query_end
? Subject _start
? Subject _end
BLAST-subjects
3.9. 數據結構總結
比對結果分三個層次
Query下面有一個或者多個Subject，一個Subject下面有多個Alignments。
Query 從“Query=” 開始到下一個 “Query=”或者文件結束
Subject 從“>”開始到下一個“>”或者“Query=”或者文件結束
Alignment 從“Score =”開始到下一個“Score =”或“>”或者“Query=”或者文件結束。
