這是一個嘗試性的文章，能不能解決我要解決的問題，並不清楚。
===本文利用NCBI的blast界面，實現將短序列比對上reference基因組，並實現變異位點可視化。===補言===
比對常用的是NCBI網站，打開NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心，一個是位於深圳的國家基因庫，由BGI代運營，一個是北京的國家生物信息中心，由BIG開發和運營）。
核苷酸序列比對選默認的blast就好，其他的比對模塊可以自行查看，有必要的情況下公眾號再講。
搜索自己想要比對的物種（reference）。
serch （點擊搜索）
好了，database已經為我們選定的物種基因組（可自行選擇版本），如果沒有基因組的話，可能需要自己上傳或者是其他的辦法（本處未做嘗試）。
輸入需要查找的序列，或者文件。
格式為fasta格式，如下（關於序列的格式文件說明，可以參見鄙人公眾號）：
>ID1
ATCG
>ID2
ATCG
...
相似度一般用默認的，個人習慣在新的頁面打開，然后點blast。
我給的是雙子葉植物的一段序列，不負眾望，沒有搜到任何信息。
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下面我想找一段同物種的基因：
管它三七二十幾（這里省略了約三個步驟），終究找了一段序列，貼進去看看效果：
然后結果：
沒錯，就是這段，點開果然是100%的相似度。
現在我突變3個位點，再比對一次。
可以看到相似度變低了：右側pre.ident 為99.75%（前一分鍾是100%）。
三個位點發生了差異。
可以看到被人為突變的位置是無法對齊的，但是沒有顏色標記不是很好看。
繼續，打開右邊的可視化頁面：
可視化信息如下：
點擊紅色的query（沒錯，這就是剛剛輸入的sequence，現在被重命名為Query_8543），可以看到我們之前人為做的三個突變位點，如下(紅線所示)：
放大mismatch的位點，可以看到詳細的鹼基信息：
以上，
abysw
