用blast blastn進行短序列的搜索（比對）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：設置比對模式，通常情況會有一個默認task，這里要設置為blastn-short -word_size：盡可能小，這里設為7 -evalue：類似於p值的一個指標，越小說明越 ...
原文：生信分析-windows-blast序列比對
這是一個嘗試性的文章，能不能解決我要解決的問題，並不清楚。 本文利用NCBI的blast界面，實現將短序列比對上reference基因組，並實現變異位點可視化。 補言 比對常用的是NCBI網站，打開NCBI。 百度 谷歌直接搜索NCBI， 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心，一個是位於深圳的國家基因庫，由BGI代運營，一個是北京的國家生物信息中心，由BIG開發和運營 。 核苷酸序列比對選默認的 ...
2020-12-02 18:28 0 487 推薦指數：
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比對軟件Blast，Blast+，Diamond比較
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基於序列比對的系統發育分析
1、簡介： 進化生物學是指研究不同生物在一段時期中的改變，其目的是提供理論，進而解釋生物多樣性的過程和機制。與證據充足的生物學相比，支持進化生物學的確鑿證據並不多，往往只能通過 ...
多序列比對
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對（或多序列聯配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多條（3 條或以上）有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對，盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
blast | diamond 輸出結果選擇和解析 | 比對
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常用生信分析軟件
官網 源碼 安裝&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ ht ...
生信慕課-序列比較筆記
來自：中國大學mooc-山東大學 生物信息學 課程 1.什么是序列？ 序列就是字符串。 s就是一個序列。（原來序列是這么簡單的，聽着太高大上了） 蛋白質序列：由20個不同的字母（氨基酸）排列組合而成。 核酸序列：由4個不同的字母（鹼基，ATCGU）排列組合而成，包括DNA序列和RNA ...