一、軟件配置
curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz
tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz
echo 'export PATH=$PATH:~/src/ncbi-blast-2.6.0+/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
二、序列比對
序列比對，顧名思義需要參考序列庫，以及需要的目的基因
1、建立參考數據庫
核酸庫：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype nucl
蛋白庫：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype prot
另一種建庫方式：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype nucl -parse_seqids makeblastdb -in km233118.fa -dbtype prot -parse_seqids #多加的參數好像會多生成幾個文件，但是具體作用不清楚
2、序列比對：
blastn -db km233118.fa -query query.fa -outfmt 6 (核酸序列比對核酸庫)
3、序列比對的常見類型：
blastp:蛋白序列-———蛋白庫
Blastx：核酸序列————蛋白庫（6中讀碼框）
blastn：核酸序列————核酸庫
tblastn：蛋白序列————核酸庫
tblastx：核酸序列——核酸庫，二者在蛋白質水平上的比對