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話說ML進化樹如果要進行高bootstrap值的驗證的話對於計算能力要求是很高的。不並行做基本不可能。
所以下了一個RAxML，在linux下有好幾種編譯方式，看了一下手上的機器支持AVX指令集，所以選擇AVX-MPI方式吧。
先安裝openmpi，照網上教程編譯就行，就是略慢。
但是安裝完mpicc之后，再去編譯RAxML時發現gcc版本不夠高，無法支持AVX，雖然不知道AVX能帶來多大的速度提升，但是出於學習考慮還是嘗試升級一下gcc吧
下了一個gcc4.8.1，注意在編譯之前要下載一下依賴庫./contrib/download_prerequisites，然后編譯安裝即可。
mpi的運行方式就是 mpirun -np N program
N是同時開的進程數，program是軟件加參數（和單進程跑一模一樣就行）
序列處理之前用TrimAI截短一下，我的序列差異很大，所以手工截太麻煩了。
RAxML對序列的要求比較變態。。phy格式序列中的'.'表示和第一條序列相同的表示法不被識別。所以自己寫了個腳本把格式轉回來了。
注意跑的時候要把 -k選項打開才會有branch length，不然會branch都等長，略丑。
raxmlHPC-MPI-AVX -x 12345 -p 12345 -# 1000 -m PROTGAMMAWAGF -s ../LysM_t -f d -k -n Tf4
跑完會出來一個RAxml_bootstrap.Tf4的tree list，這個是重復1000次的進化樹。需要在phylip下的consensus工具轉為單個樹。
consensus下選擇Majority Rule (extended)模型了，產生outtree和outfile，outtree可改為.nwk文件直接MEGA編輯。