轉自：果子學生信 微信公眾號
題目：結合本研究領域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白質（SWISSPROT）找出你感興趣的基因或蛋白質，並找出其同源的基因或者蛋白，分析它們的進化歷史
解答：
1.找出感興趣基因或蛋白的序列
2.找出其同源的基因或蛋白
3.凈化分析
如何獲取感興趣的基因（蛋白、miRNA、lncRNA等）：1.移植性研究，看文獻，移花接木；2.原創性研究，前期芯片和測序的結果，篩選出差異基因；3.數據庫挖掘，找別人數據里面潛在的信息；4.合作。
本課程的示例蛋白：APOBEC3A
1.得到上一期課程中查詢得到的該蛋白質的序列
>AKE33285.1 APOBEC3A [Homo sapiens]
MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNGIGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHNQAKNLLCGFYGRH
AELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEAL
QMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN
2.搜索同源蛋白
1.進入NCBI，使用網頁版BLAST工具
2.選擇功能
3.填寫參數，運行
4.基本解釋：從上到下依次是：基本情況、保守區域、圖形展示、比對的同源序列和得分、
5.選前30條結果，做多重比對
6.下載保存
3.畫出進化樹
1.下載安裝MEGA
2.convert file to MEGA
3.回到主程序，打開剛保存的文件，選蛋白
4.第一個按鈕是序列比對的結果，我們選擇
做進化樹，選第二個 neighbor joining
5.結果就出來了
6.美化結果
附錄：
常見的建樹方法
建樹的功能
- 推斷基因/蛋白的功能
- 基因/ 蛋白家族分類
- 計算基因分化的年代