基於遺傳距離的方法構建系統進化樹

一、基於SNPs和INDELs估計遺傳距離

Plink --file --distance-matrix --recode --out Distance.out 

生成兩個文件：

1. Distance.out.mdist 

 

2.  Distance.out.mdist.id

 

 二、接下來基於遺傳距離矩陣構建系統進化樹軟件使用

 /lustre/softs/phylip neighbor （鄰接法）,輸入mdist文件,生成outfile和outree

三、使用Figtree對outree聚類樹的可視化

 

引自：Mingzhou Li at al.,  Nature genetics