安裝clustalw很簡單，不提了。
找了幾個蛋白序列進行比對，命名為dm.fasta
1、輸入 ./clustalw2 進入交互模式
2、選擇1 並輸入文件名字
3、輸入2， 進行多序列比對
4、如果要修改輸入格式，則點9
5、若要輸出格式為phylip，則點4，並關閉1
6、按下回車，后退
7、選擇1進行比對, 因為phylip輸入文件為名infile， 所以這里直接改名字infile，並退出軟件即可
安裝phylip
減壓后，進入src 並輸入 make -f Makefile.unx install
然后進入exe, 並將剛才比對結果infile 移到exe中。
進行構建樹：
1、最大似然
直接輸入./proml ， 輸入y進行確定參數，得到兩個文件，outtree 和outfile，若想圖形化，則將outtree 改為outtree.tre 可在mega上查看
2、臨接法
先輸入./protdist. 計算各個序列中兩兩序列的距離，得到距離矩陣。將該結果文件改名為infile，並進行臨接法構進化樹，方法為；輸入./neighbor.用同樣的方法可以在mega上查看圖像
關注下方公眾號可獲得更多精彩
