利用phylip軟件對SNP數據構建進化樹
一小部分進行測試： 3、參考 下面文章進行 構建進化樹 https://z ...
原文：序列比對和構建進化樹（clustalw和phylip）
安裝clustalw很簡單，不提了。 找了幾個蛋白序列進行比對，命名為dm.fasta 輸入. clustalw 進入交互模式 選擇 並輸入文件名字 輸入 ， 進行多序列比對 如果要修改輸入格式，則點 若要輸出格式為phylip，則點 ，並關閉 按下回車，后退 選擇 進行比對, 因為phylip輸入文件為名infile， 所以這里直接改名字infile，並退出軟件即可 安裝phylip 減壓后，進 ...
2018-12-16 16:48 0 1713 推薦指數：
相關推薦
同源序列比對和進化樹的繪制（轉）
轉自：果子學生信 微信公眾號 題目：結合本研究領域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白質（SWISSPROT）找出你感興趣的基因或蛋白質，並找出其同源的基因或者蛋白，分析它們的進化歷史 解答： 1.找出感興趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.凈化 ...
根據VCF構建進化樹
VCF2Dis，是一款計算根據vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件進行簡單使用 操作 得到的結果如下所示 3 構建樹 在線構建 上傳距離矩陣到在線網站, FastMe2.0。上傳以后，選擇Data type為Distance ...
構建進化樹——bootstrap tests
bootstrap檢驗是什么? bootstrap檢驗即自舉法檢驗，就是放回式抽樣統計法，通過對數據集多次重復取樣，構建多個進化樹，用來檢查給定樹的分枝可信度。 自舉檢驗(bootstrapping)介紹 基因樹是對一組序列進化關系真實模式的一個估計. 說基因樹是一種估計,是因為在置換數目 ...
使用 PhyML 構建進化樹
1. PhyML 簡介 使用 PhyML 構建最大似然樹。參考文獻：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...
基於遺傳距離的方法構建系統進化樹
二、接下來基於遺傳距離矩陣構建系統進化樹軟件使用 /lustre/softs/phyl ...
比較基因組學中-利用單拷貝基因構建進化樹
（4）進化樹構建 RaxML MEGA 等， 很多文獻用RaxML，PhyML或Mrbayes，因為M ...
利用MEGA-X選擇模型及構建美化進化樹
對於經常構建進化樹的朋友來說，MEGA應該是個老朋友了。MEGA從1993年的第一個版本問世一直錘煉到去年剛剛發布的MEGA-X，已經經歷了26年，在這期間，MEGA共更新八個版本，先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer ...