基因組組裝結果質量評估
參考：【干貨】基因組組裝你了解多少？ -- 諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響着整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contigN50和scaffoldN50是第一指標，即contig/ scaffoldN50：將contig/scaffold長度從長到 ...
原文：【基因組組裝評估】轉錄組比對率
做完基因組組裝后，通常要評估基因組的質量，目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage，BUSCO，LAI等。轉錄組數據比對率也是我們常用的方法，通常可以排除轉錄組數據是否存在問題，也方便在后續注釋中排除轉錄組數據樣本的問題。 可以用HiSAT 比對來查看比對率： 結果如下： 通常比對率大於 表明比對率較好。 ...
2021-10-29 14:27 0 873 推薦指數：
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