原文:iTOL進化樹調圖細節記錄

目錄 . 注冊 . 去枝長 . 加圖例 . 無根樹顏色 . 導出圖片 iTOL基本用法已經會了,之前記錄過一點: 系統發育 進化 樹繪制小結。最近重用,調圖時又發現了些細節,記錄下備忘。 . 注冊 不注冊也可用,但注冊登錄可保存樹在itol網站上。 . 去枝長 進化樹能展示枝長是最好的,能用來判斷材料和群體間的特殊性。但現在大部分文章中的進化樹都是去掉了枝長的,也可以理解,樣本太多,展示不好看。 ...

2021-07-18 23:56 0 451 推薦指數:

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根據VCF構建進化樹

VCF2Dis,是一款計算根據vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件進行簡單使用 操作 得到的結果如下所示 3 構建樹 在線構建 ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
構建進化樹——bootstrap tests

bootstrap檢驗是什么? bootstrap檢驗即自舉法檢驗,就是放回式抽樣統計法,通過對數據集多次重復取樣,構建多個進化樹,用來檢查給定的分枝可信度。 自舉檢驗(bootstrapping)介紹 基因是對一組序列進化關系真實模式的一個估計. 說基因是一種估計,是因為在置換數目 ...

Fri May 01 03:29:00 CST 2020 0 825
使用 PhyML 構建進化樹

1. PhyML 簡介 使用 PhyML 構建最大似然。參考文獻:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...

Sat Jun 06 01:32:00 CST 2020 0 1574
序列比對和構建進化樹(clustalw和phylip)

安裝clustalw很簡單,不提了。 找了幾個蛋白序列進行比對,命名為dm.fasta 1、輸入 ./clustalw2 進入交互模式     2、選擇1 並輸入文件名字 ...

Mon Dec 17 00:48:00 CST 2018 0 1713
系統進化樹-原理介紹及軟件使用

--系統進化樹-原理介紹及軟件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系統進化? 系統發生分析一般是建立在分子鍾基礎上的。分子鍾:分子序列進化是按照一恆定速率進行的,所以積累突變的數量 ...

Sat Mar 26 01:05:00 CST 2016 0 10338
同源序列比對和進化樹的繪制(轉)

轉自:果子學生信 微信公眾號 題目:結合本研究領域,利用核酸(NCBI、EMBL和DDBJ)和蛋白質(SWISSPROT)找出你感興趣的基因或蛋白質,並找出其同源的基因或者蛋白,分析它們的進化歷史 解答: 1.找出感興趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.凈化 ...

Sat Dec 24 00:55:00 CST 2016 0 10568
使用RAxML做Maximum likelihood 進化樹

沒有授權禁止轉載 話說ML進化樹如果要進行高bootstrap值的驗證的話對於計算能力要求是很高的。不並行做基本不可能。 所以下了一個RAxML,在linux下有好幾種編譯方式,看了一下手上的機器支持AVX指令集,所以選擇AVX-MPI方式吧。 先安裝openmpi,照網上教程編譯就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
 
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