原文:單細胞測序 RNA velocity | RNA速率

單細胞測序 RNA velocity RNA速率 RNA velocity:the time derivative of the gene expression state can be directly estimated by distinguishing between unspliced and spliced mRNAs in common single cell RNA sequenc ...

2021-06-27 10:21 0 210 推薦指數:

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RNA velocity | RNA速率

單細胞轉錄組確實是利器,但我們大多只利用了表達的信息,而從reads到表達之間的信息完全被我們忽略了。 最近nature發了一篇單細胞方法類文章,講得就是如何利用RNA velocity來做細胞發育路徑的推斷。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...

Mon Aug 20 20:19:00 CST 2018 0 2390
單細胞RNA測序技術之入門指南

單細胞RNA測序技術之入門指南 【字體: 大 中 小 】 時間:2018年09月12日 來源:生物通 編輯推薦:   在這個飛速發展的測序時代,DNA和RNA測序已經逐漸成為“實驗室中的家常菜”。若要評選出目前最受歡迎的一道菜,那恐怕非單細胞RNA測序莫屬 ...

Tue Oct 23 03:23:00 CST 2018 0 2566
RNA velocity | RNA速率 | velocyto教程

一個比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc:http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 歷史 ...

Wed Jan 13 00:57:00 CST 2021 0 1659
單細胞 RNA-seq 10X Genomics

單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據在數據分析和計算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
單細胞測序學習(一)

其實就是single cell RNA-seq的縮寫,即單細胞RNA測序,或叫單細胞轉錄組測序。    ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
單細胞測序學習(二)

說明的是,單細胞測序和Bulk RNA-seq測序的區別,並不是測序本身的區別,它們同樣是基於二代測序技 ...

Thu Oct 29 17:19:00 CST 2020 0 1281
 
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