原文:用blast blastn進行短序列的搜索(比對)

blastn 多加上 task blastn short word size evalue task:設置比對模式,通常情況會有一個默認task,這里要設置為blastn short word size:盡可能小,這里設為 evalue:類似於p值的一個指標,越小說明越可靠 Tasks Task Description blastp Traditional BLASTP to compare a ...

2021-05-17 17:25 0 1893 推薦指數:

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用blastall進行序列比對

用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常強大,其下面有非常多的參數,但是一般使用的參數如:-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
生信分析-windows-blast序列比對

這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
megacc的進行序列比對

1.軟件的安裝: 網站:http://www.megasoftware.net/ windows上安裝,下載windows-command line(cc)版本的,格式為zip,解壓之后,里面有兩 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
bowtie:序列比對的新工具

bowtie:序列比對的新工具(轉) (2014-11-17 22:15:24) 轉載▼ 標簽: 轉載 原文地址: bowtie:序列比對的新工具(轉 ...

Sat Nov 10 06:51:00 CST 2018 0 813
MAFFT 進行序列比對

;ClustalW)。因此,推薦使用 MAFFT 軟件進行序列比對。 安裝 ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
muscle 軟件進行序列比對

今天在使用muscle 軟件進行序列比對時,發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息 找了很久之后,終於發現了問題 muscle 為了追求速度,對輸入序列的個數和長度進行了限制 下面是官方說明文檔中的原話: 我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
比對軟件BlastBlast+,Diamond比較

1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266
 
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