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簡介
最經典和廣為熟知的多序列比對軟件是 clustalw 。 但是現有的多序列比對軟件較多，有文獻報道：比對速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比對准確性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推薦使用 MAFFT 軟件進行多序列比對。
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安裝
1 $ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz 2 $ tar zxf mafft-7.158-without-extensions-src.tgz 3 $ cd mafft-7.158-without-extensions/core 4 $ perl -p -i -e 's#PREFIX =.*#PREFIX = /opt/biosoft/mafft#' Makefile 5 $ perl -p -i -e 's#BINDIR =.*#BINDIR = /opt/biosoft/mafft/bin/#' Makefile 6 $ make 7 $ make install 8 $ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/mafft/bin/' >> ~/.bashrc 9 $ source ~/.bashrc 10 11 檢測軟件是否正確安裝 12 $ cd ../test 13 $ rehash # if necessary 14 $ mafft sample > test.fftns2 # FFT-NS-2 15 $ mafft --maxiterate 100 sample > test.fftnsi # FFT-NS-i 16 $ mafft --globalpair sample > test.gins1 # G-INS-1 17 $ mafft --globalpair --maxiterate 100 sample > test.ginsi # G-INS-i 18 $ mafft --localpair sample > test.lins1 # L-INS-1 19 $ mafft --localpair --maxiterate 100 sample > test.linsi # L-INS-i 20 $ diff test.fftns2 sample.fftns2 21 $ diff test.fftnsi sample.fftnsi 22 $ diff test.gins1 sample.gins1 23 $ diff test.ginsi sample.ginsi 24 $ diff test.lins1 sample.lins1 25 若 diff 的結果不換回異常，則正確安裝。
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使用
輸入文件為fasta 的aa/nt
1 較為精確方法
（1）最准確的方法。適合於 <200 條序列，且序列長度 <~2000 aa/nt 的比對
1 mafft --maxiterate 1000 --localpair ex1.txt >ex1.mfa
ex1.txt 輸入文件， ex1.mfa 輸出文件
（2）適合於序列長度相似的多序列比對。序列條數 <200, 序列長度 <~2000 aa/nt
1 mafft --maxiterate 1000 --globalpair --clustalout ex2.txt >ext2.clw
--clustalout 輸出文件格式為clusw，否則為fasta
(3) 適合序列中包含較大的非匹配區域。序列條數 <200, 序列長度 <~2000 aa/nt
1 mafft --maxiterate 1000 --ep 0 --genafpair ex1.txt >ex1.mfa
2 節約速度的方法
（1）減少迭代次數，最大迭代次數減為 2
1 mafft --retree 2 --maxiterate 2 ex1.txt >ex1.mfa
（2）最大迭代次數減為 0
1 mafft --retree 2 --maxiterate 0 ex1.txt >ex1.mfa
（3）此方法非常快速，適合 >2000 條序列的多序列比對。
1 mafft --retree 1 --maxiterate 0 ex1.txt >ex1.mfa
（4）迭代過程中不進行 FFT aproximation
1 mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft ex1.txt >ex1.mfa
1 mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft ex1.txt >ex1.mfa
（5）3 個參數都設置為最不消耗時間的類型，適合於 ~10,000 到 ~50,000 條序列的比對
1 mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree ex1.txt >ex1.mfa
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參考