[轉記]MAFFT多重序列比對圖解教程
【絮語】
一提到多重序列比對，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx為ClustalW的GUI版），其實有一款多重序列比對軟件－MAFFT，不論從比對速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），還是比對准確性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）來說，其相比於ClustalW（或ClustalX）有過之而無不及，所以這里強烈推薦使用MAFFT這款多重比對軟件。
PS: 不同比對軟件的比較，有興趣的童鞋可以下載這篇文章看看：Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008
MAFFT官方網站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
支持平台：Mac OS X 、Linux、Windows
Windows 32位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip，64位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip，請根據自己操作系統選擇相應版本下載。
圖1 MAFFT主界面
簡明操作流程：
1.載入序列文件 將FASTA格式的待比對序列文件（如：TMV.fas） 復制MAFFT的根目錄下（當然也可以放任意位置，只有找得到），雙擊“mafft.bat”啟動MAFFT，此時提示輸入文件（Input file?），在@后面輸入示例的TMV.fas，也可以直接將文件拖入窗口（注意有個+，說明當前是拖放狀態），如下圖所示：
加載后回車，當顯示“OK”時說明載入文件成功。
2.設置輸出信息
輸出文件名稱自定義，擴展名任意，這里保留原擴展名，輸出文件名為TMV-out.fas，確定后回車。
輸出文件格式，建議用3或4，這里在@后輸入4后回車，此時出現 MAFFT三種主要比對策略的5個選項，如下圖：
當你無法確定時候，建議用第1種的--auto模式，讓MAFFT根據序列的特點自動選擇相應的比對策略，輸入1后回車。
當不需要附帶參數時，直接回車。
3.開始多重比對
一切設置完畢，輸入“Y”回車，程序自動開始比對。
當出現輸出文件名，說明比對完成。
4.后續着色美化 詳見附錄，不再贅述
附：多重序列比對的后期着色渲染
（1） Boxshade （黑白着色），在線網址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html相關使用教程，請網上搜索本人寫的《序列着色軟件Boxshade圖解教程（by raindy）》；
（2） ESPript 彩色着色，在線網址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi，效果圖：
（3）TeXShade 自定義着色，詳見日志： http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1367885081
最簡單的莫過於純粹的多序列比對排版，跟某些同學論文里面用Word排版的效果類似（word里面需要用等寬字體），效果類似如下：
如果稍微加點效果可能就變成了如下的樣子，我們將相同的氨基酸標記出來：
當然，TEXshade能做的不僅僅是這些，下面這張圖我們標記了其中的幾個關鍵位置，去掉了右側的“ruler”
好像這個樣子就有點亂了
下面這幅就更詳細一點了，我用不同的顏色代表了不同的conservation
很多情況下，我們只想呈現多序列中的某些突變位點，其實也可以很好的表達
如果將T-Coffee 的 score_ascii 文件一並輸入TEXshade，效果我覺得很帥氣
我遇到過很多可視化表達各種結構域的例子，下面的表示是不是很帥呢？
下面是另外的一些功能實例
下面的被稱為Sequence fingerprints，其實加上fingerprint命令就可以直接出圖了。
很早的時候，看到序列的LOGO圖覺得很帥氣，下面的Logo圖你見過么？
下面再給大家分享幾個例子，其實TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向認為，只要人能想得出，數據可視化就能做得到。
所屬相冊： 數據可視化
其實很多人都會覺得這么漂亮的圖肯定做出來很復雜，其實TEXShade需要的很簡單，輸出上面的結果其實也就是幾分鍾的事情，前提是需要你准備好需要展示的序列，記錄好要標注的位置就OK！
例如：對於下面這個看似復雜的可視化結果，其實我們需要的代碼很少，只需要5行代碼就足夠了！
上圖對應的TEX代碼：
第一行指定了我們的輸入文件，通常是比對的結果文件
第二行是指定了TEXshade的顯示模式，這里用根據 不同 functional groups的chemical properties標注顏色
第三行是表示只顯示第一條序列（AQP1.PRO）138-170個鹼基范圍
第四號表示顯示 legend
第五行表示代碼結束
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