2021年了，從零開始幾個字可以去掉了，做了很多次服務器搭建，其實能夠叫零的之前已經是講完了。
其實應該做一個總結，但是沒有時間，后面再說吧。
本文也沒有什么內容，因為很簡單：
首先， conda install orthofinder # 安裝muscle iqtree
然后：
git clone https://github.com/scapella/trimal.git # 安裝trimal
cd trimal/source
make
mkdir $Ypip/bin
cp trimal $Ypip/bin
export PATH=$Ypip/bin:$PATH # 配置環境
$ trimal -in cds.fa.muscle -out cds.fa.muscle.trimal -automated1
瞅了一眼睡蓮的參數，用的自動的。
abyss fa2phy cds.fa.muscle.trimal > cds.fa.muscle.trimal.phy
改一下格式
iqtree -s cds.fa.muscle.trimal.phy.uniq.fa.phy
iqtree -s * -m MFP -bb 1000 -bnni -nt AUTO -cmax 15 -redo
以上，詳細的版本見公眾號吧，春節后的。