今天在使用muscle 軟件進行多序列比對時,發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息
找了很久之后,終於發現了問題
muscle 為了追求速度,對輸入序列的個數和長度進行了限制
下面是官方說明文檔中的原話:
我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap
經過測試,我發現序列數大於50 的時候,只要長度沒有太長,結果也是正常的
所以,muscle 的缺陷就是對於太長的輸入序列,沒辦法正常比對,這個時候推薦使用mafft 這個多序列比對工具
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我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap
經過測試,我發現序列數大於50 的時候,只要長度沒有太長,結果也是正常的
所以,muscle 的缺陷就是對於太長的輸入序列,沒辦法正常比對,這個時候推薦使用mafft 這個多序列比對工具
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