多序列比對-muscle & trimal
2021年了，從零開始幾個字可以去掉了，做了很多次服務器搭建，其實能夠叫零的之前已經是講完了。 其實應該做一個總結，但是沒有時間，后面再說吧。 本文也沒有什么內容，因為很簡單： 首先， conda install orthofinder # 安裝muscle iqtree ...
原文：muscle 軟件進行多序列比對
今天在使用muscle 軟件進行多序列比對時，發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息 找了很久之后，終於發現了問題 muscle 為了追求速度，對輸入序列的個數和長度進行了限制 下面是官方說明文檔中的原話： 我的輸入序列長度為 k 左右, 最終輸出的結果全部為gap 經過測試，我發現序列數大於 的時候，只要長度沒有太長，結果也是正常的 所以，muscle 的缺陷就是對於太長的輸入序 ...
2017-06-27 14:20 0 2409 推薦指數：
相關推薦
MAFFT 進行多序列比對
簡介 最經典和廣為熟知的多序列比對軟件是 clustalw 。 但是現有的多序列比對軟件較多，有文獻報道：比對速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比對准確性（MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...
megacc的進行多序列比對
1.軟件的安裝： 網站：http://www.megasoftware.net/ windows上安裝，下載windows-command line（cc）版本的，格式為zip，解壓之后，里面有兩個主程序，MEGACC和MEGA-PROTO，安裝完后之后，將megacc的環境變量添加到系統 ...
用blastall進行序列比對
用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常強大，其下面有非常多的參數，但是一般使用的參數如：-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...
用blast blastn進行短序列的搜索（比對）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：設置比對模式，通常情況會有一個默認task，這里要設置為blastn-short -word_size：盡可能小，這里設為7 -evalue：類似於p值的一個指標，越小說明越 ...
多序列比對
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對（或多序列聯配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多條（3 條或以上）有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對，盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對
生物信息學原理作業第二彈：利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
多序列比對&建樹
目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...