質譜和蛋白質組學領域簡述
從事基於質譜的蛋白質組學信息分析也有一年多時間了，回過頭來還是需要縷一縷這個領域的方方面面，溫故知新。 簡要概述 蛋白質組學（Proteomics）是研究一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質的統稱。作為系統生物學中的重要組成部分，處於中心法則下游，相比於基因組和轉錄組學而言，發展比較緩慢 ...
原文：蛋白質組DIA深度學習之譜圖預測
目錄 . 簡介 . 近幾年發表的主要工具 .DeepRT .Prosit . DIANN .DeepDIA . 簡介 基於串聯質譜的蛋白質組學大部分是依賴於數據庫 database search 的bottom up策略研究。也就是實際譜圖和理論譜圖進行匹配打分，從而實現肽段和蛋白的鑒定和定量。如果是DDA的數據，因為一張二級譜是一條肽段，直接將數據庫理論酶切碎裂后的理論譜和實際譜圖匹配即可。但 ...
2020-08-05 16:48 0 2136 推薦指數：
相關推薦
1、蛋白質二級結構預測方法
原創 2017-05-08 omicshare.com 基迪奧生物 蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步，二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對於形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全 ...
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus
目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的，2008年初次發表JPR，2014年升級發表NC，免費開源，持續更新維護，良心軟件。而且，有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...
蛋白質組學實驗設計、質控與分析
1. 實驗設計與技術路線 (1) 常用流程 流程 說明 1.材料收集 細胞、細胞上清、組織、血漿、血清、腦脊液、外泌體、尿液...... 2.定量技術 蛋白組：iTRAQ/TMT ...
【5】蛋白質組學鑒定定量軟件之PD
目錄 1.簡介 2.安裝與配置 3.分析流程 4.結果 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年 ...
【6】蛋白質組學鑒定定量軟件之MaxQuant
目錄 1.簡介 2.下載安裝 3.配置與運行 4.結果 5.Perseus后處理 6.小結 1.簡介 2016年，德國馬普所的Cox和蛋白質組學領域巨擘Matthias Mann合作開發了MaxQuant軟件（MQ），並發表在nbt ...
【宏蛋白質組】搜庫工具簡介與評估
宏蛋白質組數據分析相對較難，不同於常規蛋白質組分析，因為數據庫太大，無法直接進行搜庫匹配，需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白搜庫分析工具。具體效果如何，還需要測試。 1.ProteoStorm 發表：ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
蛋白質組學數據的缺失值填充
缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎，蛋白質組學也不例外，簡單記錄下，可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源：完全隨機缺失（MCAR，如質譜儀抖動，對數據影響無偏好性，均一分布），隨機缺失（MAR，依賴於其他觀測變量，如時間梯度越長采集越可能出現缺失值），非隨機缺失 ...