Bowtie2的安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie在比對比較短的reads(less ...
轉載自:https: blog.csdn.net soyabean article details 一 轉錄組還是基因組 map常用的工具有bowtie bowtie , BWA,SOAP SOAP 等。這個問題又會被分成兩個問題,是基因組測序 DNA seq 還是轉錄組測序 mRNA seq 。其中的區別是對於真核生物而言,mRNA序列與DNA序列並不完全相同,在經歷了后剪切之后,成熟的mRNA ...
2020-06-10 10:16 0 783 推薦指數:
Bowtie2的安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie在比對比較短的reads(less ...
主要簡述 bowtie2 的入門用法,完成從原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 參考文檔 最重要的參考文檔還是官方文檔: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文獻: Fast ...
目前最新版本為2.3.2,網址為:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安裝分為簡單的下載可執行文件和源編譯安裝。 如上圖所示,bowtie2-2.3.2-source.zip為源代碼,需要用 ...
/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40: ...
Bowtie使用介紹 轉載自:http://bioinformation.cn/?p=316 Bowtie(下載)是一個超級快速的,較為節省內存的短序列拼接至模板基因組的工具。它在拼接35鹼基長度的序列時,可以達到每小時2.5億次的拼接速度。Bowtie並不是一個簡單的拼接工具 ...
未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...
RNA-seq數據的比對結果怎么解讀?網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...
好吧,這是本周(2016.10.21-28)的學習任務之一:安裝bowtie2並學習其使用方法&參數設置 所以,啃文檔咯,官方文檔Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理 ...