目前最新版本為2.3.2，網址為：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2
安裝分為簡單的下載可執行文件和源編譯安裝。
如上圖所示，bowtie2-2.3.2-source.zip為源代碼，需要用gmake安裝，此時，如果系統版本低，沒有libTBB的話，可以選擇不使用這個庫編譯
命令是：
unzip bowtie2-2.3.2-source.zip 解壓安裝包
gmake NO_TBB=1 編譯安裝
對於下面兩個，只需解壓縮即可使用：
unzip bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.2-legacy-linux-x86_64.zip
隨后添加環境變量：
#bowtie2
export PATH=/home/user/Programs/bowtie2-2.3.2-***:$PATH
即可使用，如果使用預編譯版本，運行bowtie2命令時出錯，則需要使用不使用TBB庫的源編譯安裝，或者使用legacy版本。