原文:bowtie2 Linux安裝

目前最新版本為 . . ,網址為:https: sourceforge.net projects bowtie bio files bowtie . . 安裝分為簡單的下載可執行文件和源編譯安裝。 如上圖所示,bowtie . . source.zip為源代碼,需要用gmake安裝,此時,如果系統版本低,沒有libTBB的話,可以選擇不使用這個庫編譯 命令是: unzip bowtie . . s ...

2017-06-16 09:40 0 3996 推薦指數:

查看詳情

Bowtie2安裝與使用

Bowtie2安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie在比對比較短的reads(less ...

Sat Nov 10 06:19:00 CST 2018 0 4865
安裝生物信息學軟件-bowtie2

好吧,這是本周(2016.10.21-28)的學習任務之一:安裝bowtie2並學習其使用方法&參數設置 所以,啃文檔咯,官方文檔Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理 ...

Sun Oct 23 20:44:00 CST 2016 0 1439
bowtiebowtie2使用條件區別及用法

轉載自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、轉錄組還是基因組? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。這個問題又會被分成兩個問題,是基因組測序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
Hisat2 bowtie2比對結果解讀(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq數據的比對結果怎么解讀?網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 處理RNA-SEQ數據

未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
Bowtie使用介紹

Bowtie使用介紹 轉載自:http://bioinformation.cn/?p=316 Bowtie(下載)是一個超級快速的,較為節省內存的短序列拼接至模板基因組的工具。它在拼接35鹼基長度的序列時,可以達到每小時2.5億次的拼接速度。Bowtie並不是一個簡單的拼接工具 ...

Wed Jun 20 19:21:00 CST 2018 0 5207
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM