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1 安裝bowtie2
ubuntu上用bin裝ok，suse上編譯裝的，中間包依賴有問題，可用zypper安裝所需包
2 安裝tophat2
ubuntu上用bin裝ok，suse上執行的時候報找不到samtools，但是官網上手冊說tophat2不需要samtools。。
裝samtools吧，gcc編譯時找不到lcurses庫，發現把makefile里面lcurses換成lncurses即可。
但是后來發現tophat2即使裝了samtools還是報錯，算了編譯安裝tophat2吧
http://ccb.jhu.edu/software/tophat/manual.shtml
tophat2的文檔寫的還是可以的
tophat -G .gff注釋文件 -o 輸出路徑 bowtie產生的index文件 Sample1_1.fq Sample1_2.fq
注意gff文件和fa文件的header需保持完全一致，否則會報錯，另外如果在win下處理這兩個文件（比如用python調整格式），輸出后的文件需要用ue將其轉為unix格式（換行符不同），否則也會報gtf_to_fasta的錯。index文件夾下要放原來用來做索引的fa文件，否則也報gtf_to_fasta的錯，這是不合理的，但原因不明。
cuffmerge對fasta序列的要求比較嚴，注意每個fasta序列每一行的長度（除了最后一行）長度都要相等，注意去除空行和不必要的換行。否則報：
No fasta index found for ./input1. Rebuilding, please wait.. Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length!
cuffdiff的目標序列注意同一個條件下多個樣品序列之間用','分隔且中間不能有空格，有空格則會被識別為不同的條件，因而條件的label數和條件數不同，因此報：
Error: number of labels must match number of conditions