RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先說明一下我做RNA-seq處理流程的文件樹格式: RNA-seq/ data ...
未經本人授權禁止轉載。 安裝bowtie ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 安裝tophat ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat 不需要samtools。。 裝samtools吧,gcc編譯時找不到lcurses庫,發現把makefile里面lcurses換成lncu ...
2016-01-19 14:36 0 2847 推薦指數:
RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先說明一下我做RNA-seq處理流程的文件樹格式: RNA-seq/ data ...
主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...
Bowtie2的安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie在比對比較短的reads(less ...
簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧,看了statQuest,感覺講的很棒,於是分享給大家原版視頻后台回復 ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數據分析指南 內容 前言 各位同學/老師,大家好,現在由我給大家講講我的文獻閱讀報告! A survey of best practices ...
轉載自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、轉錄組還是基因組? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。這個問題又會被分成兩個問題,是基因組測序 ...
補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...