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1 安装bowtie2
ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper安装所需包
2 安装tophat2
ubuntu上用bin装ok，suse上执行的时候报找不到samtools，但是官网上手册说tophat2不需要samtools。。
装samtools吧，gcc编译时找不到lcurses库，发现把makefile里面lcurses换成lncurses即可。
但是后来发现tophat2即使装了samtools还是报错，算了编译安装tophat2吧
http://ccb.jhu.edu/software/tophat/manual.shtml
tophat2的文档写的还是可以的
tophat -G .gff注释文件 -o 输出路径 bowtie产生的index文件 Sample1_1.fq Sample1_2.fq
注意gff文件和fa文件的header需保持完全一致，否则会报错，另外如果在win下处理这两个文件（比如用python调整格式），输出后的文件需要用ue将其转为unix格式（换行符不同），否则也会报gtf_to_fasta的错。index文件夹下要放原来用来做索引的fa文件，否则也报gtf_to_fasta的错，这是不合理的，但原因不明。
cuffmerge对fasta序列的要求比较严，注意每个fasta序列每一行的长度（除了最后一行）长度都要相等，注意去除空行和不必要的换行。否则报：
No fasta index found for ./input1. Rebuilding, please wait.. Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length!
cuffdiff的目标序列注意同一个条件下多个样品序列之间用','分隔且中间不能有空格，有空格则会被识别为不同的条件，因而条件的label数和条件数不同，因此报：
Error: number of labels must match number of conditions