原文:使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据

未经本人授权禁止转载。 安装bowtie ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 安装tophat ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat 不需要samtools。。 装samtools吧,gcc编译时找不到lcurses库,发现把makefile里面lcurses换成lncu ...

2016-01-19 14:36 0 2847 推荐指数:

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RNA-seq简单处理流程

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data ...

Sun Mar 11 02:27:00 CST 2018 0 2961
RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
Bowtie2的安装与使用

Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less ...

Sat Nov 10 06:19:00 CST 2018 0 4865
简单理解RNA-seq

简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧,看了statQuest,感觉讲的很棒,于是分享给大家原版视频后台回复 ...

Sat Oct 20 04:27:00 CST 2018 1 1989
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
bowtiebowtie2使用条件区别及用法

转载自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
 
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