比對程序 Bowtie2 的簡單使用

主要簡述 bowtie2 的入門用法，完成從原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。

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參考文檔

最重要的參考文檔還是官方文檔：

Bowtie2-mannual

Getting started with Bowtie 2

文獻: Fast gapped-read alignment with Bowtie 2

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下載，安裝

下載：
bowtie2 -2.2.5
下載已經預編譯好的軟件即可。

安裝：
先解壓到一個文件夾

    export PATH=$PATH:/home/user/bowtie2/
    如果需要永久設置，需要把上面一行加到 ./bashrc 文件中即可

測試：
在任何目錄下：

    $ bowtie2
    # 會出現各種信息，包括版本，用法等等

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以下是比較簡單的例子：

建立索引

    $ bowtie2-build tigr7.fq  /media/文檔/Bowtie2Index/tigr7
    # bowtie2-build :   是建立 索引
    # tigr7.fa      :   是基因組序列
    # /media/文檔/Bowtie2Index/tigr7 : 指的是輸出的索引文件 放在 /media/文檔/Bowtie2Index/ 目錄下，並且所有index文件的前綴名為 tigr7, 

mapping

把原始 fq 序列文件 mapping 到 參考基因組上，生成 sam 格式文件

    /home/bowtie2/bowtie2 -p 4  -x /media/文檔/Bowtie2Index/tigr7 -1 /media/文檔/1.fq -2 /media/文檔/2.fq -S /media/文檔/eg2.sam
    # -p 4  指的是用 4 個線程去運行程序
    # -x  指的是 The basename of the index for the reference genome，即后跟 參考基因組的位置
    # -1 /media/文檔/1.fq 指的是 paired-end seq 中 的一端測序結果 
    # -2 /media/文檔/2.fq 指的是 paired-end seq 中 的另一端測序結果
    # -S /media/文檔/eg2.sam 指的是 File to write SAM alignments to

這樣， 就生成了所謂的 sam 格式文件， 以便於后續用 samtools 去處理。