今天運行tophat2的時候看到下面這條記錄：
[2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file
Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa
[2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index
Executing: /home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa > /home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa
tophat2 在指定的bowtie2的索引目錄下沒有找到對應的名稱為bowtie2_index.fa 的參考基因組文件，第一步首先根據
bowtie2索引構建參考基因組的fasta序列，用到bowtie2中的 bowtie2-inspect 程序
該程序的用法如下：
bowtie2-inspect bowtie2-inedx > ref.fa
之前一直用bowtie2做比對，沒想到還有這么一個功能。