原文:bowtie2-inspect 根據bowtie2的索引取得fasta 序列

今天運行tophat 的時候看到下面這條記錄: : : Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file home pub database Human hg bowtie db hg .fa.fa : : Reconstituting reference FASTA file from Bowtie ind ...

2016-03-02 11:41 0 1814 推薦指數:

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Bowtie2的安裝與使用

Bowtie2的安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie在比對比較短的reads(less ...

Sat Nov 10 06:19:00 CST 2018 0 4865
bowtiebowtie2使用條件區別及用法

轉載自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、轉錄組還是基因組? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。這個問題又會被分成兩個問題,是基因組測序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
bowtie2 Linux安裝

目前最新版本為2.3.2,網址為:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安裝分為簡單的下載可執行文件和源編譯安裝。 如上圖所示,bowtie2-2.3.2-source.zip為源代碼,需要用 ...

Fri Jun 16 17:40:00 CST 2017 0 3996
比對程序 Bowtie2 的簡單使用

主要簡述 bowtie2 的入門用法,完成從原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 參考文檔 最重要的參考文檔還是官方文檔: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文獻: Fast ...

Tue Sep 22 05:43:00 CST 2015 0 2385
Hisat2 bowtie2比對結果解讀(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq數據的比對結果怎么解讀?網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
安裝生物信息學軟件-bowtie2

好吧,這是本周(2016.10.21-28)的學習任務之一:安裝bowtie2並學習其使用方法&參數設置 所以,啃文檔咯,官方文檔Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理 ...

Sun Oct 23 20:44:00 CST 2016 0 1439
bowtie:短序列比對的新工具

bowtie:短序列比對的新工具(轉) (2014-11-17 22:15:24) 轉載▼ 標簽: 轉載 原文地址: bowtie:短序列比對的新工具(轉 ...

Sat Nov 10 06:51:00 CST 2018 0 813
使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 處理RNA-SEQ數據

未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
 
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