原文:全基因組數據分析原始數據到變異數據(Fastq->VCF)

WGS數據分析目的:檢測出每個樣本基因組中的變異集合 不同樣本中的差異序列 WGS數據分析流程分為三步:原始數據質控 gt 數據預處理 gt 變異檢測 .原始數據質控階段:拿到原始測序數據 gt QC過濾低質量的read數據 .數據預處理階段:read比對 gt sort排序 gt 去除重復 gt 局部重比對 gt 鹼基質量校正 BQSR gt 變異檢測 .變異質控過濾 VQSR gt 結果 分析 ...

2020-05-29 22:20 0 771 推薦指數:

查看詳情

基因組測序及數據分析基礎

華大的春季培訓課程之一:https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341,我認為講得很好,介紹全面而詳細,加了一些個人經驗(侵刪)。 流程眾多,對於結果會有一些差異,尤其是對低頻變異。如果很關注低頻位點 ...

Sun Mar 29 07:49:00 CST 2020 0 908
【3】腫瘤基因組數據分析方法概述

目錄 腫瘤基因組分析 腫瘤標准分析 高級分析 腫瘤數據庫 腫瘤基因組分析 腫瘤進化過程 基本概念:germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打擊學說:生殖突變+體細胞突變 主要 ...

Tue Aug 25 17:46:00 CST 2020 0 948
基因組測序WGS數據分析——1.DNA測序技術》學習筆記

WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因組測序WGS數據分析——1.DNA測序技術》學習筆記WGS

WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...

Fri Jul 02 02:01:00 CST 2021 0 204
R語言基因組數據分析可能會用到的data.table函數整理

版權聲明:本文為博主原創文章,轉載請注明出處 R語言data.table包是自帶包data.frame的升級版,用於數據框格式數據的處理,最大的特點快。包括兩個方面,一方面是寫的快,代碼簡潔,只要一行命令就可以完成諸多任務,另一方面是處理快,內部處理的步驟進行了程序上 ...

Sat Mar 25 05:56:00 CST 2017 0 6474
kaggle數據挖掘競賽初步--Titanic<原始數據分析&缺失值處理>

Titanic是kaggle上的一道just for fun的題,沒有獎金,但是數據整潔,拿來練手最好不過啦。 這道題給的數據是泰坦尼克號上的乘客的信息,預測乘客是否幸存。這是個二元分類的機器學習問題,但是由於數據樣本相對較少,在當時慌亂的情況下幸存者有一定的隨機性,還是有一定挑戰的。https ...

Fri Mar 20 21:00:00 CST 2015 1 19721
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM