腫瘤基因組分析
- 腫瘤進化過程
- 基本概念：germline/somatic/driver/passenger mutation
- 二次打擊學說：生殖突變+體細胞突變
- 主要基於體細胞突變研究
- 發展趨勢：小樣本WES——大樣本多組學；液體活檢，免疫療法，人工智能，微生物
腫瘤標准分析
- 腫瘤研究整體流程
- 測序策略：WGS，WES，WXS（目標區域捕獲）
- 突變類型：點突變，Indel（<50bp），CNV（增加/缺失），SV，病毒插入整合
- 原癌基因和抑癌基因的不同突變模式：oncogene（功能性/激活性突變，熱點突變），tumor suppressor gene（截短型/失活型突變，突變分散）
- 成對分析模式
- 不同突變分析工具在體細胞突變差異較大，
從多款軟件中取2個以上檢出位點，降低假陽性 - 主流軟件：BWA MEM+GATK Haplotypecaller
- Rawdata——cleandata：SOAPnuke（去接頭，低質量>50%base，N>10%），看cleanbases數據量及比例，Q20，Q30，GC%
- cleandata——bam：
去重PCR，鹼基質量重校正BQSR消除上下文（上下游各1bp）環境對鹼基質量影響。
看重復率，平均測序深度，覆蓋度，4X/10X/20X reads的覆蓋度 - 變異檢測軟件：SNV（muTect，mutect2），TCGA MC3 計划（7款）
- CNV（FACETS）：5種檢測算法（read count數目，paired-end，split reads，assembly， combinatorial approach），主流read count算法（非重復滑動窗口統計覆蓋到窗口的reads），FACETS適用WES/WGS；CODEX2軟件可檢測體細胞和生殖細胞CNV
- SV檢測軟件：BreakDancer，FermiKit，laSV，MindTheGap
Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole genome sequencing - 注釋軟件：
annovar不能商用，snpEff較流行
集成注釋軟件Oncotator（基因組，蛋白質，腫瘤和非腫瘤的相關注釋） - 注釋結果：含4方面內容
高級分析
-
主要分析
超突變樣品檢測
顯著突變基因
新抗原預測
局部拷貝數變異
病毒整合分析
生殖系突變過濾
突變特征分析
SV突變特征分析
突變鏈不對稱分析
突變網絡分析
腫瘤分子分型
腫瘤克隆進化與異質性分析
葯靶數據庫注釋
TCGA數據庫分析 -
四大模塊：
腫瘤數據庫
- TCGA，COSMIC
- BGI-PETA 泛腫瘤跨組學百科全學
腫瘤基因組臨床應用專題：
【1】 腫瘤醫學研究前言進展
【2】腫瘤基因檢測相關技術原理
【3】腫瘤基因組數據分析方法概述
【4】腫瘤轉錄組測序分析流程及相關軟件
【5】腫瘤DNA甲基化數據分析原理及流程
【6】腫瘤胚系突變遺傳分析及數據庫使用
【7】基於NGS檢測體系變異解讀和數據庫介紹
【8】腫瘤臨床遺傳咨詢及案例分析