manta基因的somaticSV體細胞變異染色體結構變異

# manta # 想要獲得somatic的SV變異,所以使用了manta軟件 # 安裝: # 千萬不要去github下載源代碼安裝!!!本人安裝了兩整天沒裝好,簡直懷疑人生,果斷棄坑!! # 划重點:使用conda安裝 ...

Wed Apr 15 00:51:00 CST 2020 0 1002
vcf文件(call variants得來的)怎么看變異是純合還是雜合的

如下圖片所示: 對於位置為48245131的allele來說,REF為A,ALT為C 想確定變異到底是純合還是雜合,即兩條染色體是否同時發生了變異,則看GT,GT對應的數值為0/1,說明該變異為雜合; 如果GT對應的數值為0/0,說明該變異為純合。 ...

Mon Jun 26 02:15:00 CST 2017 0 1309
基因染色體定位

1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
細胞,染色體,DNA與基因的關系

資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
利用SHAPEIT將vcf文件進行基因型(genotype)定相(phasing):查看兩個突變是否來源於同一條鏈(染色體或父本或母本),two mutations carried by the same read

首先,下載SHAPEIT. 按照里面的步驟安裝完后,將vcf文件進行基因型定相,分四步走。 第一步,將vcf文件轉化為plink二進制文件(.bed, .bim, .fam)。 這一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,見如下命令: java -Xmx8g ...

Thu Jun 21 00:38:00 CST 2018 0 1915
如何快速將參考基因組拆分為各條染色體序列?

目錄 需求 方法一 方法二 需求 客戶反映,完整的基因組太大打不開,要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實現? 方法一 借助工具: 方法二 自己寫腳本:split.pl 運行:perl split.pl ...

Thu Apr 29 01:05:00 CST 2021 0 314
如何根據fasta快速統計基因組大小及其各染色體長度?

基因組長度 利用seqkit統計長度 結果如下: sum_len總長度 各條染色體 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 結果 這里把gap也算進去了。如果不想統計,就自己寫個腳本吧。 https://pypi.org/project ...

Fri May 28 22:13:00 CST 2021 0 2451
 
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