# manta # 想要獲得somatic的SV變異,所以使用了manta軟件 # 安裝: # 千萬不要去github下載源代碼安裝!!!本人安裝了兩整天沒裝好,簡直懷疑人生,果斷棄坑!! # 划重點:使用conda安裝 ...
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2020-04-16 14:12 0 1161 推薦指數:
# manta # 想要獲得somatic的SV變異,所以使用了manta軟件 # 安裝: # 千萬不要去github下載源代碼安裝!!!本人安裝了兩整天沒裝好,簡直懷疑人生,果斷棄坑!! # 划重點:使用conda安裝 ...
如下圖片所示: 對於位置為48245131的allele來說,REF為A,ALT為C 想確定變異到底是純合還是雜合,即兩條染色體是否同時發生了變異,則看GT,GT對應的數值為0/1,說明該變異為雜合; 如果GT對應的數值為0/0,說明該變異為純合。 ...
1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...
cat snpeff.vcf | java -jar SnpSift.jar filter " ( POS >= 122 ) & ( POS <= 124 ) & ( CHROM = 'chr1' ) " > spe_snpeff.vcf 提取一號染色體 ...
資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...
首先,下載SHAPEIT. 按照里面的步驟安裝完后,將vcf文件進行基因型定相,分四步走。 第一步,將vcf文件轉化為plink二進制文件(.bed, .bim, .fam)。 這一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,見如下命令: java -Xmx8g ...
目錄 需求 方法一 方法二 需求 客戶反映,完整的基因組太大打不開,要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實現? 方法一 借助工具: 方法二 自己寫腳本:split.pl 運行:perl split.pl ...
基因組長度 利用seqkit統計長度 結果如下: sum_len總長度 各條染色體 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 結果 這里把gap也算進去了。如果不想統計,就自己寫個腳本吧。 https://pypi.org/project ...