基因染色體定位


1.基因染色體定位TBtools

Graphics-show gene on chr-第一個

 

 

文件准備:

①染色體長度信息

②基因位置信息

 

 

 

#①:染色體長度文件

用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號

記錄了每條染色體的長度信息。只要有基因組序列文件,可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一個。

Sequence Toolkit-Fasta Tools-Fasta Stats,勾選keep only

(1)基因組序列文件,Fasta格式

 

 

 

 

(2)輸出的染色體長度信息:ChrLen.tab.txt-兩列-第一列把NC改為LG系列    NC_:完整的基因組分子序列,標記的類別包括基因組、染色體、細胞器、質粒。

 

基因染色體定位圖的調節

chr Label Font:染色體標簽設置

Gene Label Font:基因標簽設置

 

 

 chr Bar Color:染色體內部的顏色

 chr Bar Border:染色體外邊框

1.基因染色體定位TBtools怎么讓染色體標簽在上面,而不是在在左邊。

TBtools做基因染色體定位圖,怎么讓染色體標簽在上面,而不是在在左邊。

點擊:下面是方塊,上面是圓圈。

問題

1.染色體旋轉

2.基因字體顏色設置

3.加橫的標簽。

4.上邊界的距離怎么增加些。不用

 

答:

1.點染色體標簽,把圓圈放平。

2、3②group elements組元素

 

 1.elements editor元素編輯器

①curr,element當前,元素

delete elenment:刪除元素,不選

fill collor:選null

Boarder Color邊框顏色:選擇黑色,selected

fill Alpha:不懂

Boarder Stroke

Rotate Angle旋轉角度

element type元素類型

gradient type漸變型

Z-Rank

 

②group elements組元素

③selected elements選定的元素

 

2.panel editor面板編輯器merge selected panels合並選定的面板

merge all panels

polar panel













 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


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